平埔族群泛稱居住於台灣平原地區之南島語系原住民族群，又稱「平埔番」、「熟番」。當時台南附近平埔族群主要是西拉雅族，大致分佈於新港（新市）、麻豆、蕭壟（佳里）、目加溜灣（灣裡）等四大社，由於近三、四百年來遭漢化的緣故，許多傳統習俗逐漸流失，在外貌、生活、語言上越來越不易與漢人分辨。
公廨是平埔族祭祀與信仰中心，具有社會性與宗教性兩個層面的意涵。西拉雅族的祖靈崇拜留有祀壺的風俗，稱阿立祖祭祀，所謂阿立祖是指西拉雅族的祖靈，無形無體，僅以一壺代表神體，通常供奉在社中公廨，為平埔族特有的「阿立祖」拜壺信仰。
以南科所在地來看，橫跨善化、新市兩地的南科，原是台江內海沿岸西拉雅族新港社人的主要聚落，南邊的永康鹽行、洲仔尾則是舊洲南、洲北場鹽埕主要是漢人聚落，隨著海岸線的改變，鹽場搬家，平埔族被開墾的漢人逼迫遷徙，但還是留下一些蛛絲馬跡，如後來歷史學者廣為引用的「新港文書」，就是當時外國傳教士以羅馬拼音書寫的平埔語聖經，而現大量出土的南科遺址也證實了此地曾有的繁華風景。
台灣平埔族群分布圖
